Ateliérová výuka je rozdělena do dvou etap. V prvních dvou semestrech probíhá v ateliérech 1. ročníku, do kterých jsou studenti přiřazováni abecedně. Na ně navazuje od 2. ročníku výuka ve vertikálních ateliérech, do kterých se studenti přihlašují dle vlastní volby, po dohodě s vedoucím ateliéru.
Během bakalářského studijního programu student absolvuje: Základy architektonického navrhování I, Základní ateliér ZAN II, Ateliér bytová stavba – ATBS, Ateliér občanská stavba – ATO, Ateliér studie k bakalářské práci – ATSBP, Ateliér bakalářský projekt – BP.
Během magisterského studijního programu student absolvuje: Ateliér soubor staveb – ATS1, Ateliér urbanismus – ATUR, Ateliér volné zadání – ATVZ, Ateliér realizační projekt – ATRN, Ateliér volitelný – ATV, Ateliér diplomní seminář – DS, Ateliér diplomní projekt – DP.
Ateliér volné zadání – ATVZ a Ateliér volitelný – ATV si mohou studenti studijního programu Architektura a urbanismus zapsat také v krajinářských ateliérech Fingerová, Rehwaldt, Salzmann, Sitta a Trevisan.